一、科属不同
1、梅花鹿：梅花鹿是常见的一种鹿，别称花鹿、斑龙、角仙等，在生物分类学上属于动物界、脊索动物门、哺乳纲、偶蹄目、鹿科、真鹿亚科、鹿属哺乳动物，共有16个亚种。
2、麋鹿：麋鹿是常见的一种鹿，别称四不像、麈、大卫神父鹿等，在生物学分类上属于动物界、脊索动物门、哺乳纲、偶蹄目、鹿科、真鹿亚科、麋鹿属唯一的物种，无亚种。
二、形态特征
1、梅花鹿：梅花鹿是中小型鹿，体长125～145厘米，肩高70～95厘米，体重70～100千克；夏毛棕黄色或栗红色，背脊两旁和体侧下缘有白斑；冬毛烟褐色，白斑不明显；雄鹿有一对实心角，角上有4个杈，雌鹿无角。
2、麋鹿：麋鹿是大型鹿，体长150～200厘米，肩高70～137厘米，体重120～250千克；夏毛红棕色，冬季脱毛后棕黄色；雄鹿有角，形状特殊，外形与其它鹿正好相反，前杈再分小杈，而后杈几乎不分叉，雌鹿无角。
三、分布范围
1、梅花鹿：梅花鹿是亚洲东部特有种，主要分布在中国、俄罗斯东部地区、朝鲜半岛、日本、越南等地，我国分布在黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古中部、安徽南部、江西北部、浙江西部、四川、广西、台湾等地，美国、法国、德国、爱尔兰、新西兰、英国等地有引种。
2、麋鹿：麋鹿是我国特有种，汉朝末年近乎绝种，最后的种群残存于长江中下游湿地，19世纪只剩北京南海子皇家猎苑中的一群，后被八国联军捕捉并从此在中国消失，1898年被英国繁殖到255头，1983年部分个体送回我国，截至2021年在我国的种群数量已达上万头。
四、生活习性
1、梅花鹿：梅花鹿常栖息在森林边缘和山地草原，性情机警，听觉、嗅觉发达，视觉稍弱，群居性不强，成年雄性往往独自生活，夏季和冬季会做短距离迁移，有一定的领地意识。
2、麋鹿：麋鹿常栖息在温暖、潮湿的平原、沼泽、湿地及水域附近等，喜群居，善游泳，性情温驯，蹄宽大且蹄间有皮腱膜利于在沼泽地活动，尾巴长且多毛利于驱赶飞扰的昆虫。
