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1、腔骨龙属是独立的分类单元，其下只有一个物种，鲍氏腔骨龙（C. bauri）。
2、另外两个的物种，洛氏腔骨龙（C. longicollis）及威氏腔骨龙（C. willistoni），由于不能被鉴定而被认为是鲍氏腔骨龙的异名。
3、生活于侏罗纪非洲南部的津巴布维腔骨龙（C. rhodesiensis）有可能是属于此属。
4、在亲缘分支分类法中，腔骨龙是腔骨龙科中的一个演化支。
5、在1990年代早期，古生物学界开始讨论腔骨龙的首先发现标本的鉴定特征是否有效，并与在幽灵牧场发现的化石作出比较。
6、有些古生物学家认为原先的标本根本不能被诊断，所以鲍氏腔骨龙的名字不适用于其他标本。
7、他们于是使用了另一个名称：Rioarribasaurus来称呼幽灵牧场的标本。
8、由于在大部份的科学文献中都是腔骨龙来称呼幽灵牧场标本，使用新的Rioarribasaurus会造成一定的混淆，故学界将腔骨龙的模式标本由保存较差的原先标本，改为幽灵牧场标本的其中之一。
9、最终，国际动物命名法委员会投票选出幽灵牧场的一个标本作为模式标本，而Rioarribasaurus这个名称亦同时被废去，成为废弃名，腔骨龙成为保留名，从此解决了混淆的情况。
10、在1999年，有科学家指出原先的模式标本（编号AMNH 2706）是属于一类新命名的兽脚类恐龙，称为真腔骨龙。
11、但是，后来的研究显示真腔骨龙其实被鉴定错误，它只是一类原始、非恐龙的鸟颈类主龙，与西里龙（Silesaurus）是近亲。
12、另外，就腔骨龙科的另一类，Megapnosaurus（原名合踝龙Syntarsus）亦同时出现争论，它们被是与腔骨龙同属的。
13、甚至有科学家指出腔骨龙应该被归类于合踝龙之内，。
14、使上述的分类混乱再次出现。
15、很多原先被分类为新物种的标本，其实都是腔骨龙属的物种。
16、例如，Mignon Talbot在1911年发现的快足龙可能就是腔骨龙。
17、再者，休尼（Friedrich von Huene）于1908年命名的C. posthumus，亦需要重新分类，并临时称为长踝敏捷龙（Halticosaurus longotarsus）。
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